清華大學科技管理學院於西元2000年成立，為全國首創以「科技管理」為教育研究重點的學院，結合清大原有的優異理工基礎，發展跨科技領域的管理課程與研究，以培育具紮實經濟知識基礎之科技管理、科技法律及財務金融等專業人才為首要目標。

高階經營管理碩士(EMBA)成立於西元1999年，在2000年科管院成立後轉系至科管所經營。自1999年開辦至今，是國內歷史最悠久，也是最早開辦科技管理學院的高等學府之一；清華EMBA畢業生素有質精素優，校友網絡綿密之美譽，是國內培養科管領域高層次人才的主要基地之一。

經營管理碩士(MBA)成立於2007年，原為名科管所在職專班，2009年後更名為經營管理碩士在職專班(MBA)。強調企業未來高階經理人才培訓，課程以加強科技管理的基礎必修為重點，內容含括本院所屬系所之各領域專長，且特別著重在管理技能的訓練、並形塑具有服務精神的企業家。

2017年為提供服役於金門之現役軍人在職進修之機會，本校期以自身優勢，為現役軍人打造一所培育優秀國軍人才的學府，特規畫「經營管理碩士在職專班(國軍招生分組班)」並申請於金門校外上課。

隔年2018年成立MBA金門班(全球化運籌組)，授課地點一半以上於金門，部分於新竹。

財務金融碩士(MFB)於2016年成立，並致力於培養理論分析與實務操作並重之財務金融專業菁英。強調有效應用於職場的教學為目標，重視金融業對不同領域才能的需求取向，致力於專業領域之間的整合能力，以培養學員具跨領域且多元化管理的知識及能力。

同年2016年成立公共政策與管理碩士(MPM)，由於現今國內、外經濟社會變遷迅速，職場就業多年後可能失去工作中的思考能力，無法因應快速改變的大環境。進入本專班將學習最新理論知識，以經濟學思考模式來培養敏銳的觀察力，對公共政策提出自己的看法。

2016年成立清華大學EMBA深圳境外專班，此專班為清華大學在職專班首度於境外開設，特延聘兩岸於業界與學術界有豐富資歷的師資，具管理決策經驗與專業背景教授課程，內容實務理論並重，討論與分享、融合創新與創業的策略思考。

並於2018年成立EMBA馬來西亞境外專班。

隨著人口老化以及社會大眾逐漸重視醫療照護、身心健康、食品安全等相關議題，因應上述社會現況與未來發展，於2020年成立健康政策與經營管理碩士在職專班（Master Program of Health Policy and Business Administration, 簡稱HBA），並於110學年度開始招生。旨在培育跨領域健康政策管理與經營的領導人才，特別是當前講究以證據為本 (evidence-based)、資料為基礎 (data-driven) 的高品質決策。

同年2020年成立高階經營管理雙聯碩士在職專班（NTHU-UTA Dual EMBA Degree Program），由國立清華大學（National Tsing Hua University, 簡稱NTHU）與美國德州大學阿靈頓分校（University of Texas at Arlington, 簡稱UTA）共同提供專業師資和安排豐富多元的課程內容，學習國際性跨文化商業決策方法。藉由與國外學校雙聯學制的合作模式，深化高等教育學術交流的內涵，並發揮優勢互補的特色，創造雙贏的國際化學術環境。學生完成雙邊學術要求後，即可於畢業時同時取得清華大學與德州大學阿靈頓分校雙邊EMBA學位。